Qの冒頭では、シンジは初号機と同化して宇宙にいましたが、その後ヴィレに確保され、碇シンジの姿が初登場するシーンでは

シンジ「確か…綾波を助けて…」
サクラ「はい、どうやら記憶の継続性も認められます」

というやりとりが行われます。

ここで、シンジは綾波を助けて以降の記憶が無いようですが、それを聞いたサクラは、記憶が継続していると言っています。

つまり、綾波を助けたところからの記憶は、喪失したわけではなく、元から無くて当然のようです。

また、カヲルのセリフからも

「君が初号機と同化している間に起こったサードインパクトの結果だよ」

と言われていることから、シンジはニアサーで初号機と同化し、それ以降Qで目覚めるまでは意識も記憶も無かったのでしょう。

そして、シンジについて説明するリツコから

「物理的情報では、コード第3の少年と完全に一致。生後の歯の治療跡など、身体組織はニアサー時を100％再現しているわ」

と語られました。

再現ということは、おそらくニアサー以降、初号機と同化している間は、碇シンジの物理的な姿形は無くなっていたと考えられます。

エヴァ的に言えば「サルベージされた」という表現になるかと思います

2023.01